맑은샘 학교는 작은 학교 입니다. 작은 학교에서는 획일적인 교육이 아닌, 때와 상황에 맞춰 여러가지 통합 교육을 진행합니다. 교과 통합, 성별 통합. 학년 통합, 장애 통합 교육을 바탕으로 일상생활, 학교생활에서 자연스럽게 저마다 다르지만, 서로를 껴안으며 살아가는 통합교육을 지향 합니다.
교육의 삼주체인 어린이, 부모, 교사가 함께 배우며 삶을 살찌워 나가며 어린이들은 언니, 오빠, 동생을 서로 보살피며 배움을 주고 받습니다. 부모와 교사들은 아이들을 통해 배우고, 맑은샘 가족들과 함께 성장합니다.
또한, '마을이 학교다'를 바탕으로 교육 마을 공동체와 교육 도시를 꿈꾸는 마을 속 작은 학교를 실천하는 교육 과정을 진행합니다.

- 학년 통합 교육
‌서로 다른 학년이 모여 배움을 나눕니다. 언니, 누나, 오빠, 형들과 함께 놀고 일하면서 자연스럽게 배움으로 이어갑니다.

- 장애 통합 교육
‌어린이들은 서로 다름을 인정하고 함께 사는 법을 배워가며 인권, 차이와 차별, 같음과 다름을 익혀갑니다.

- 교과 통합 교육
‌몸 놀이, 그림 그리기, 음악을 익히면서 수학을 배우고, 자연에서 뛰어놀며 일과 놀이를 하면서 과학을 배웁니다.

- 부모 교육
‌학교 내의 다양한 모임에 참여하며 자녀 교육에 대해 서로 공감하고, 삶을 나누며, 더불어 살아가는 것을 배웁니다.